En el año 81 Domiciano sucedió al emperador Tito. Al principio, su reino fue tan benigno hacia la nueva fe como lo habían sido los reinos de sus antecesores. Pero hacia el final de su reino se desató de nuevo la persecución. No sabemos a ciencia cierta por qué Domiciano persiguió a los cristianos. Sí sabemos que Domiciano amaba y respetaba las viejas tradiciones romanas, y que buena parte de su política imperial consistió en restaurar esas tradiciones. Por lo tanto, era de esperarse que se opusiera al cristianismo, que en algunas regiones del Imperio había ganado muchísimos adeptos, y que en todo caso se oponía tenazmente a la antigua religión romana. Además, ahora que ya no existía el Templo de Jerusalén, Domiciano decidió que todos los judíos debían enviar a las arcas imperiales la ofrenda anual que antes mandaban a Jerusalén. Cuando algunos judíos se negaron a hacerlo o mandaron el dinero al mismo tiempo que dejaban ver bien claro que Roma no había ocupado el lugar de Jerusalén, Domiciano empezó a perseguirles y a exigir el pago de la ofrenda. Puesto que todavía no estaba del todo claro en qué consistía la relación del judaísmo con el cristianismo, los funcionarios imperiales empezaron a presionar a todos los que practicaban “costumbres judías”. Así se desató una nueva persecución que parece haber ido dirigida, no sólo contra los cristianos, sino también contra los judíos. Como en el caso de Nerón, no parece que la persecución haya sido igualmente severa en todo el Imperio. De hecho, es sólo de Roma y de Asia Menor que tenemos noticias fidedignas acerca de la persecución.
En Roma el emperador hizo ejecutar a su pariente Flavio Clemente y a su esposa Flavia Domitila. Se les acusó de “ateísmo” y de “costumbres judías”. Puesto que los cristianos adoraban a un Dios invisible, por lo general los paganos les acusaban de ser ateos. Por tanto, es muy probable que Flavio Clemente y su esposa hayan muerto por ser cristianos. Estos son los únicos dos mártires romanos bajo Domiciano que conocemos por nombre. Pero varios escritores antiguos afirman que fueron muchos, y una carta escrita por la iglesia de Roma a la de Corinto poco después de la persecución se refiere a “los males y pruebas inesperados y seguidos que han venido sobre nosotros” (I Clemente 1).
De la persecución en Asia Menor sí sabemos más, gracias al Apocalipsis, que fue escrito en medio de esa dura prueba. Juan, el autor del Apocalipsis, había sido deportado a la isla de Patmos, y por tanto sabemos que no todos los cristianos eran condenados a muerte. Pero sí hay muchas otras pruebas de que fueron muchos los que sufrieron y murieron en tal ocasión.
En medio de la persecución, el Apocalipsis muestra una actitud mucho más negativa hacia Roma que el resto del Nuevo Testamento. Pablo había ordenado a los romanos que se sometieran a las autoridades, que habían sido ordenadas por Dios. Pero ahora el vidente de Patmos describe a Roma en términos nada elogiosos, como “la gran ramera… ebria de la sangre de los santos, y de la sangre de los mártires de Jesús” (Apocalipsis 17:1, 6). Y Pérgamo, la capital de la región, es el lugar “donde está el trono de Satanás” (Apocalipsis 2:13).
Afortunadamente, cuando se desató la persecución el reino de Domiciano se acercaba a su fin. Al igual que Nerón, Domiciano había cobrado fama de tirano, y por fin fue asesinado en su propio palacio, y el senado romano hizo que se borrara su nombre de todas las inscripciones y monumentos en su honor.
Una vez más, el Imperio parece haberse olvidado de la nueva fe que iba esparciéndose por entre sus súbditos, y por tanto la iglesia gozó de un período de relativa paz.